Em naruto shippuden generations existem 2 modos online, Battle rank e Ex Battle rank. Pelo o que entendemos Battle Rank é igual ao storm 2, ou seja, os players jogam para alcançar os seus pontos e posições contra o mundo. Em Ex Battle Rank é a mesma coisa, mas com uma pequena diferença, os players podem custumizar o itens do seu personagem.

Outra coisa que se pode costumizar é a ninja card. A ninja card vai conter um personagem á vossa escolha com um "street name". Os players, ao que aparenta, podem modificar as abilidades do seu personagem. Por exemplo, um jogador pode aumentar o poder de ataque do seu personagem e aproveitar isso como vantagem durante o jogo. Não sabemos com funcionará no futuro mas espermos que seja assim, pois será interessante!